クリア者から報告がそこそこ上がっていましたが、公式見解がでました。

レイド「クロタの最期」をクリアした時にエンブレムとシェーダーをもらったけど、所持品に見つからない – bungie.net ヘルプ
http://www.bungie.net/ja/Help/Article/12469

一部のプレイヤーが「クロタの最期」をクリアした後にエンブレムやシェーダーを受け取っていないという報告を受けています。この件は現在調査中で、早急に解決できるよう努めています。

当面は、「クロタの最期」をクリアする時に、所持品画面でエンブレムやシェーダーのスロットがいっぱいでないことを確認してください。大変ご迷惑をおかけしています。

仕様なのかと思っていたら、バグでした。

複数回クリアしてる人によると、初回クリア時しかもらえないっぽいので、
まだクリアしていない人は、クロタの最期に挑戦するときはエンブレムとシェーダーの持ち物欄に空きを作っておきましょう。

バグの該当者は、とりあえず調査待ちましょう。
調査して原因とかわからないと、Bungieさんもどう対応（補償）するかってのはだせないですから。

まぁ名誉品だけでよかったともいえる。
武器・防具系だとやばかった